Niilo Juntunen suoritti asepalveluksen Kenttätykistörykmentti kahdessa (KTR2). Asepalvelus alkoi 4.9.1936 ja päättyi 19.8.1937 täysin palvelleena. Palvelusta kertyi täydet 350 pv. ja kantakortin mukaan tykkimiehen tehtävien lisäksi hän erikoistui 8 kk:n ajan lääkintämiehen tehtäviin.

Talvisota

Talvisodassa Niilo toimi Laatokkajärven pohjoispuolella Kenttätykistöryhmä 13. toisessa patteristossa (II/KTR13). Talvisotamatka alkoi 14.10.1939 ja Tykistörykmentti saapui jo 20.10.39 Leppäsiltaan. Talvisodan sytyttyä 30.11, niin Tykistörykmentti oli jo valmiudessa puolustamaan Uuksujoen/Uomaan aluetta. Uuksun alueella rykmentti taisteli 30.11 - 8.12.39. Samalla alueella taisteli myös “vieremäläiskomppania” 5/JR39. Seuraavaksi Tykistöryhmä keskittyi puolustamaan Kitelän seutua 9.12.39 - 22.2.1940. Tänne oli tullut Laatokan rantatietä pitkin puna-armeijan 168. Divisioona (lähes 10 000 miestä). Kantakortin mukaan Niilo oli aseellisena puhelinajoneuvo- miehenä. Pitkärannan puolustaminen alkoi 23.2 ja sitä kesti 9.3.1940 saakka. Talvisodan viimeisinä päivinä II/KTR13 vielä pommitti Pitkärantaa. Suomalaiset yrittivät Pitkärannan valtausta, joka kuitenkin epäonnistui ja Pitkäranta pysyi vihollisen hallussa koko sodan ajan. Jo tammikuun puolen välin jälkeen alkoivat Laatokan koillispuolella sitkeät mottitaistelut. Näissä taisteluissa suomalaiset tuhosivat saarretut puna-armeijan joukot yksi toisensa jälkeen. Ensimmäiseksi tuhottiin pienet jalkaväkimotit, kuten Koposenselkä 20.1.40 ja Pieni- Kelivaara 28.1.1940. Läntisen - Lemetin motit tuhottiin 2.2 ja 4.2.1940. Rykmentin motin vuoro oli 18.2 ja Itäisen-Lemetin 29.2.1940. Jäniskukkulaa olivat tuhoamassa Vieremän ja Kiuruveden miehet Jukka Malmivaaran ja Jussi Kauppisen johdolla. Jäniskukkula sijaitsee lähellä Pitkärantaa aivan nykyisen maantien varrella.

Jatkosota

Jatkosodassa Niilo kuului 2.JPr:iin ja siinä Jääkäripataljoona 5:n 3. komppaniaan (3./JP5). Prikaatin komentajana oli eversti Sundman ja Pataljoonan komentajana kapteeni Hannes Pokkinen sekä komppanian päällikkönä ltn. Satamo. Suurin osa 3.komppanian miehistä oli kotoisin Keiteleeltä. JP5 perustettiin Vieremällä 23.6.1941 ja joukko-osastot siirtyivät polkupyörillä ja autokuljetuksin Kauppilanmäkeen. Matka jatkui junakuljetuksin Kontiomäen kautta Paukkajaan, joka sijaitsee Uimaharjun ja Enon välissä. Täältä siirryttiin rajan pintaan Mutalahden - Möhkön alueelle. Ensimmäiset taistelut olivat Peurujoella, jossa mm. Vieremän miehiä kaatui 15, kaikki (1./JP5) Jääkäripataljoona 5. ensimmäisestä komppaniasta. Peurujoen taisteluun osallistui myös Niilon komppania (3./JP5) yhdessä vieremäläisten (1./JP5) kanssa 10.7. 1941. Tulivalmistelun alkaessa “romahti” neljä oman raskaan kranaatinheittimen ammusta etenevien komppanioiden keskeen, jolloin hyökkäys oli keskeytettävä. (ks.netistä vieremanveteraanit.fi jatkosota) Vieremäläiset ja keiteleläiset kulkivat hyvin paljon yhtä matkaa, taistellen Haukivaarassa, Yläjärvellä, Aittojoella, Vuonteleessa, Ravanmäessä, Onkamuksessa ja sieltä kohti Olkkoilaa. Olkkoilassa Niilo haavoittui vakavasti ja sotataival päättyi pitkään ja vaikeaan sairaalamatkaan. Tässä Olkkoilan taistelussa kaatui useita Vieremän miehiä haavoittuneiden lisäksi. Olkkoilan kylä saatiin vallattua 2.9.1941. Myös jatkosodassa Niilon tehtävänä oli lääkintäryhmässä toimia mm. sairaiden/ haavoittuneiden kantajana. Niilo oli alkuun hoidettavana Suomessa, mutta sitten siirrettiin Ruotsiin. Niilo Juntuselle myönnettiin Vapaudenmitali 1 (Vm.1) 23.9.1942.